Universiti Sains Malaysia (USM) melalui mesyuarat Jawatankuasa Pengurusan Universiti (JKPU) ke-93 bertarikh 8 Mac 2017, telah bersetuju menubuhkan Pejabat Waqaf di Universiti Sains Malaysia. Tujuan utama penubuhan Pejabat Waqaf ketika itu adalah memperkasakan peranan institusi waqaf di USM, seiring dengan keputusan Mesyuarat Pelaksanaan Wakaf Pendidikan Tinggi Universiti Awam pada 9 Jun 2016 yang telah membuat resolusi bersama bagi setiap universiti awam menubuhkan Majlis Zakat, Waqaf dan Infaq sebagai badan tertinggi yang menggubal dasar dan peraturan berhubung hal-ehwal pengurusan zakat, waqaf dan infaq di universiti masing-masing.

Pada 21 Mac 2018, Mesyuarat JKPU ke 129 Bil 9/2018 telah meluluskan perubahan nama Pejabat Waqaf kepada Pejabat Zakat, Waqaf dan Infaq USM yang dijadikan pusat sehenti bagi menguruskan dana-dana Islam merangkumi zakat, waqaf, infaq dan lain-lain. Pejabat Zakat Waqaf dan Infaq (ZAWAIN) Universiti Sains Malaysia sebagai satu pusat perkhidmatan Universiti memiliki matlamat, objektif dan fungsi ke arah mewujudkan kelestarian kewangan dan mewujudkan sumber kewangan alternatif berasaskan aset dan dana-dana Islam (Zakat, Waqaf dan Infaq).

Pada tahun 2022 sehingga 2024, pengurusan hal-ehwal zakat, waqaf dan infaq di USM telah ditadbir oleh Pusat Islam USM. Bagaimanapun, Mesyuarat Jawatankuasa Pengurusan Universiti (JKPU) Ke-232 Bil. 13/2024 telah bersetuju untuk menubuhkan semula Pejabat ZAWAIN sebagai sebuah Pusat Tanggungjawab (PTJ) yang bertanggungjawab menyelaraskan semua hal-ehwal berkaitan zakat, waqaf dan infaq secara sistematik serta profesional seiring dengan agenda waqaf di peringkat nasional. Sebagai pemangkin terhadap visi dan misi Universiti melalui dana waqaf, zakat dan infaq, penubuhan ZAWAIN diharapkan mampu memberikan impak terhadap pembangunan ilmu dan penyelidikan di Menara Ilmu tersohor ini. Penubuhan Pejabat ZAWAIN adalah sangat signifikan supaya dana-dana Islam di peringkat USM dapat diuruskan dengan amanah, efisien dan efektif. Jelasnya, ZAWAIN komited untuk melaksanakan pelan strategik dan hala tuju yang mapan ke arah merealisasikan matlamat penubuhannya.